بر اساس گزارشی در BBC فارسی در ژوئن ۲۰۱۵، مدیریت منابع آب، سدسازی بی‌رویه و استفاده بیش از حد از منابع آب، کشاورزی ایران را تهدید کرد و از لزوم تعطیلی بخش بزرگی از کشاورزی ایران نوشت. دیدگاه مخالف گزارش معتقد است با دگرگونی الگوی کشت و اصلاح روش آبیاری می‌شود کشاورزی ایران را در همان سطح گذشته احیا یا حفظ کرد. با این حال، در ادامه اعلام شد که در بهترین شرایط نیز دست کم چهل درصد از کشاورزی ایران بختی برای بقا ندارد.
خشکسالی در این زمان بخش بزرگی از کارایی و توان کشاورزی را از بین برد؛ به گونه‌ای که بسیاری از روستاهای ایران که به عنوان قطب کشاورزی و دامپروری شناخته شده بودند، با توجه به بی‌‌آبی مجبور شدند که به سوی روستاهای پرآب‌‌تر و شهرها مهاجرت کنند.
مرکز پژوهش‌‌‌های مجلس در این باره اعلام کرده است که با گسترش خشکسالی در ایران، دو سوم اراضی به مناطق بیابانی تبدیل شده است. گزارشی در سال ۹۴ در اقتصاد آنلاین نوشت: «در کمتر از ۱۰ تا ۱۵ سال، ۷۰ درصد آب‌‌های زیرزمینی ایران که طی هزاران سال ذخیره شده، مصرف شده و اکنون فقط ۳۰ درصد این ذخایر باقی مانده‌اند».
این گزارش، محدودیت شدید آب، پایین بودن سطح ابزار و ادوات کشاورزی و عدم بهره‌‌گیری از روش‌های به‌‌روز و سیستم‌‌های مکانیزاسیون را از مشکلات کشاورزی در ایران دانست. همچنین به بی سوادی یک سوم از کشاورزان اشاره شده است. این بدان معناست که تغییر روش و تفکر این کشاورزان اصلا کار ساده‌ای نخواهد بود.
بهداشت و سلامت کشاورزی
میزان تولید میوه و محصولات کشاورزی در ایران بسیار خوب است و کشورمان یکی از مهم‌ترین تامین‌کنندگان اصلی در خاورمیانه به حساب می‌آید اما از نظر سطح سلامتی اشکالات جدی در تولید محصولات باغی و کشاورزی وجود دارد. عدم رسیدگی لازم برای واردات دانه‌‌های مصرفی سالم و با کیفیت، در طولانی مدت سلامت مردم را تهدید می کند. همچنین واردات بذرهای حساس از کشورهای خارجی در هنگامی که امکانات بررسی این بذرها (از دید ژنتیک، زیستی و اثر بر سلامت و ژن انسان) در ایران وجود ندارد، ممکن است امنیت کشور را تهدید کند.
جالب است بدانید در سال ۲۰۲۰، برخی از محصولات خوراکی صادراتی ایران به آلمان به دلیل وجود آلاینده هایی با اثرات ژنتیکی و سرطان زایی، غیر قابل فروش اعلام شدند. همین موضوع در سال‌های اخیر برای فلفل دلمه‌ای صادر شده به روسیه نیز تکرار شد.
با وجود اهمیت کاربرد درست کودهای شیمیایی، در میان کشاورزان ایرانی تنها استفاده از کودهای نیتروژنه (مانند اوره و آمونیاک) و کودهای فسفره رایج است؛ که عدم مصرف کودهای پتاسه و عدم مصرف کودهای ریزمغذی (مانند آهن)، منجر به عدم جذب متوازن کودها نسبت به نیاز گیاه، و بالطبع افت بسیار شدید عملکرد محصولات کشاورزی ایران، به علاوه انباشت کودهای نیتروژنه در بافت گیاهان به صورت خام و مصرف نشده گردیده که خود منجر به نارسایی‌های گوارشی و حتی سرطان در مصرف کنندگان و مرجوعی بسیاری از محصولات کشاورزی ایران از بازارهای صادراتی شده است.
دامداری و دامپروری
میزان دامداری در ایران قابل توجه است. گوسفند در ابتدای فهرست و بعد از آن بز، گاو، شتر، اسب و گاومیش قراردارند. یکی از بخش‌هایی که رشد بالایی داشته مرغذاری است که زیرساخت‌های آن نیز به سرعت در کشور رشد کرده است. در صنعت دام و طیور کشور رشد چشم‌گیری در طول سالیان اخیر اتفاق افتاده به طوری‌که فرآیند زنجیره تامین در داخل خود کشور انجام می‌شود.
صنایع لبنی نیز به صنعت دامداری وابسته و که رشد بزرگی در کشور داشته و در این بخش حتی صادرات به کشورهای همسایه همچون عراق نیز داشته‌ایم.
