در بخش‌هایی از نامه محمدرضا عارف به سیدابراهیم رئیسی، وی با هشدار نسبت به میزان مهاجرت دانشگاهیان به دلیل آن‌چه « امنیتی شدن فضای دانشگاه» خوانده، خواستار ملغی شدن تمامی احکام و محدودیت‌های صادر شده علیه دانشجویان و اعضای هیات علمی شده است.
وی در این نامه با بیان این‌که «دانشگاه‌های کشور که، تربیت نیروی انسانی متخصص و متعهد ، پژوهش برای تولید دانش و رفع نیازهای علمی کشور و تولید فنآوری‌های به روز برای زیست بوم نوآوری و کارآفرینی بر دوش آن است، این روزها حال خوبی ندارند» مشکلات معیشتی استادان، کمبود بودجه های پژوهشی برای فعالیت های علمی، عدم امکان حضور در مجامع بین المللی به سبب افزایش قیمت ارز و …. را یادآور شده است.
وی مدعی شده که مواردی از جمله «قطع یا محدود شدن حقوق استادان به دلیل اظهار نظر»، «اخراج برخی از اعضای هیأت علمی»، «بازنشسته شدن اجباری» «حذف دروس» ، «جلوگیری و یا توقف ترفیع سالیانه، ارتقاء و تبدیل وضعیت» در برخی از دانشگاه‌ها به عنوان حربه علیه اعضای هیأت علمی استفاده می‌شود.
عارف، دانشجویان را «سرمایه‌های انسانی بی‌بدیل در کشور» توصیف کرده و معتقد است که آئین‌نامه ها و شیوه‌نامه‌های انضباطی با «تنگ نظری سختگیرانه» با «فراخواندن دانشجویان به کمیته‌های انضباطی» یا «اخراج از خوابگاه»، «تعلیق تحصیلی»، «ممنوع الورودی به محیط دانشگاه» اعمال می‌شود.
وی در این نامه به عنوان رییس کانون صنفی استادان دانشگاهی ایران مواردی را به این شرح از سوی اعضای این کانون از رییس‌جمهور خواستار شده و ابراز امیدواری کرده است که با دستور موافق رییس‌جمهور با این مطالبات، محیط های دانشگاهی برای انجام فعالیت‌های خطیر آنها بهبود یافته و روال عادی فعالیت‌های علمی این نهاد حیاتی در کشور توسعه یافته و ثمربخش باشد.
۱- رفع کلیه تضییقات و فشارها از اعضای هیأت علمی و دانشجویان در دانشگاه‌ها
۲- رفع فضای امنیتی در دانشگاه‌ها و احترام به آزادی بیان، تضارب افکار و اندیشه های متنوع
۳- ملغی شدن تمامی احکام و محدودیت‌های صادرشده علیه دانشجویان و اعضای هیات علمی
۴- بازنگری در آئین‌نامه‌ها و شیوه‌نامه‌های انضباطی دانشجویان با هدف رفع فشارهای غیرضروری و مخرب موجود از دانشجویان و تقویت حس امید به آینده و میهن دوستی در آنان
