روزنامه جمهوری اسلامی در یادداشتی نسبت به نوع روابط ایران و امارت اسلامی افغانستان انتقاد کرد و نوشت:
آنچه موجب تعجب ناظران سیاسی در داخل و خارج شده اینست که جمهوری اسلامی ایران، خواست یک گروه متکی به اسلحه(طالبان) که بدون انتخابات و براساس زد و بند با آمریکا بر افغانستان سلطه پیدا کرده و بعد از ۱۸ ماه هنوز هیچ کشوری آن را به رسمیت نشناخته است را بر خواست مردم افغانستان که هرگز حاکمیت این گروه را به عنوان حکومت مشروع قبول نکرده ترجیح داده است.
همه می‌دانند که «شورای ملی مقاومت افغانستان» نمایندگی اکثریت قاطع مردم این کشور را برعهده دارد و تنها گروهی که به آن نپیوسته، طالبان است. علاوه بر این، عملکرد خلاف موازین بین‌المللی که طالبان در طول یکسال و نیم اخیر با سلطه بر افغانستان داشته، افکار عمومی بین‌الملل و مجامع جهانی را به این نتیجه رسانده که این گروه بهیچوجه شایستگی حاکمیت بر این کشور را ندارد. بیش از همه خود مردم افغانستان باید در این زمینه نظر بدهند که داده‌اند و بارها با صراحت اعلام کرده‌اند حاکمیت طالبان را قبول ندارند و خواهان برگزاری انتخابات آزاد با شرکت عموم مردم بر مبنای هر نفر یک رأی هستند تا از این طریق افرادی زمام امور را در دست بگیرند که منتخب خود مردم باشند. نظر صریح مردم افغانستان اینست که حکومت مورد نظرشان «جمهوری» است و حکومت قوم‌گرای طالبان که آراء جمهور را قبول ندارد و بر مبنای نظام حکومتی منسوخ و مطرود خلیفه‌گری می‌خواهد بر افغانستان حکومت کند را هرگز نخواهند پذیرفت.
برای نظام جمهوری اسلامی ایران شایسته نیست سفارت افغانستان را به گروهی تحویل بدهد که نه مقبولیت مردمی دارد و نه از مشروعیت بین‌المللی برخوردار است. مسئولان و دولتمردان ایرانی باید به این نکته بسیار مهم توجه کنند که حاکمیت گروه طالبان بر افغانستان، موقت است و مردم این کشور مصمم به زایل نمودن آن هستند.
تحویل دادن سفارت به یک گروه نامشروع و تروریستی علاوه بر مخاطرات امنیتی زیادی که دارد، به عنوان لکه سیاهی در پرونده روابط ایران و افغانستان ثبت خواهد شد و سابقه درخشان تعامل مثبت جمهوری اسلامی ایران با مردم افغانستان را زیر سؤال خواهد برد. این گروه، علیرغم لاف دوستی که با ایران می‌زند هنوز حقابه قانونی ایران را نداده، فقه جعفری را حذف کرده، به پایمال کردن حقوق هزاره‌ها و کشتار آنها ادامه می‌دهد و با تمام مردم افغانستان اعم از شیعه و سنی همچون بردگان رفتار می‌کند. راه درست اینست که جمهوری اسلامی ایران، حامی مردم افغانستان باشد و در تصمیم خود در زمینه تحویل سفارت به طالبان تجدید نظر کند.
