نسخه‌های خطی فارسی و به تبع آن آثار هنری، نفایس فرهنگی و حاصل تلاش عالمان و هنرمندان کشورمان ایران در طول تاریخ بارها و به اشکال مختلف مورد تهاجم بی رحمانه و ددمنشانه قرار گرفته است. چنانچه سلطان محمود غزنوی و پدرش سبکتکین، امیرنشین‌‌ها و فرمانروایی‌‌های محلی ایران زمین را که هرکدام یک کانون زبان فارسی دری و فرهنگ ایرانی بود، یکی پس از دیگری از میان برداشتند و کتابخانه عظیم ری را در آتش سوزاندند. حمله مغول نیزعلاوه بر کشتار و ویرانی، فرهنگ و میراث مکتوب را منهدم کرد؛ به‌طوری‌که «زیدری نسوی» می‌نویسد: لطمه‌ای که ایران در هجوم مغول دید، در یک یا چند بُعد محدود و خلاصه نمی‌شود، بلکه خسرانی همه‌جانبه بود.

بیهوده نیست که مورخ سترگی همچون ابن‌الاثیر، آن‌گاه که می خواهد از هجوم مغولان سخن بگوید چنین آغاز می‌‌کند که «ای کاش مادرم مرا نمی‌زاد و ای کاش قبل از مغول می‌مردم تاچنین مسائل را نمی‌‌نوشتم.» چنان شد که کتابخانه شهاب الدین خیوقی دانشمند خوارزمی که در آن زمان هیچ‌کسی مثل آن ندیده بود غارت شد و به دست عوام افتاد و در بخارا پس از کشتنِ تمام مردم، کتابخانه نیز سوزانده و نابود شد. و در همه‌جا صندوق‌ها و مصحف‌های قرآن کریم را آخور اسبان خود ساختند. نتیجه آنکه آثار علمی بسیاری در حمله این قوم وحشی منهدم شد و علم و دانش رو به افول نهاد و نشانی از فرهنگ و ادب بر جای نماند، مراکز علم و ادب ویران و کتابخانه‌ها و کتاب‌خوان‌ها از صفحه روزگار محو شدند.به عبارت دیگر کتابخانه‌ها سوختند و کتاب‌‌ها پاره شدند و زیر سم اسبان مغول رفتند و امروز حتی نام و نشانی از آنها نیست.

چنانچه عطاملک جوینی چنین توصیف کرده است: « آمدند و بردند و کشتند و سوختند و رفتند.» در دوران متاخرتر زمان فتحعلی شاه قاجار، در هنگامه جنگ‌های ایران و روس وقتی که روس‌ها بر بخشی از آذربایجان تسلط یافتند، کتابخانه آرامگاه شیخ صفی‌الدین را که حاوی نسخه‌های نادر و گرانبهای قدیمی بودکه پادشاهان صفوی بر آن افزوده بودند، تاراج کردند. در این جنگ فرمانده چیره روسی دستور داد کتاب‌‌های خطی بقعه شیخ صفی‌‌الدین را بار کنند و به ماورای قفقاز ببرند و مردم تنها توقعی که داشتند این بود که از روی آنها نسخه بردارند. در عین حال دو دسته قشون سواره و پیاده کاروان کتاب‌های نفیس بقعه شیخ صفی را از اردبیل تا تفلیس همراهی کردند و پس از زمانی نه چندان دور آثارهنری به مخازن کتابخانه پطرزبورگ و موزه آرمیتاژ پیوستند.

در عین حال باید به این نکته اذعان کرد که در مقابل تهاجم و آتش زدن و تاراج کتاب‌‌ها از سوی دشمنان، شاهان هنگامی که به قدرت می‌رسیدند، با انگیزه‌های مختلف به گردآوری کتاب و تاسیس کتابخانه‌های سلطنتی اقدام می‌‌کردند. مجموعه‌‌سازی و فراهم‌‌آوری، گردآوری و تامین منابع کتابخانه‌های سلطتنی به برکت قدرت و ثروت شاهان چندان دشوار نبود. جست‌وجو و شناسایی کتب با ارزش در اقصی نقاط تحت سلطه توسط ماموران ویژه، غنیمت‌‌گیری کتابخانه‌های کشورهای مغلوب در لشکرکشی‌‌ها و بالاخره خریداری کتاب یا مجموعه‌های شخصی، شکل‌‌های مختلف فراهم‌‌آوری بوده است. ابن‌ندیم می‌گوید: اردشیر بابکان پس از تکیه بر مسند حکومت دستور داد کلیه کتب باقی‌‌مانده از دوران گذشته را که پراکنده بود، از چین و هند گردآوری کنند و در گنجینه‌‌ای نگهداری کنند. همچنین پس از اسلام عضدالدوله دیلمی از پادشاهان آل‌بویه در قرن چهارم هجری از کسانی بود که به کتاب و علم گرایش داشت، چنانچه کتابخانه بزرگی در شیراز و در محل کاخ خود تاسیس کرد.

همچنین سلطان محمود غزنوی که همان‌طور که در سطور پیشین اشاره شد در «ری» کتاب‌سوزی به راه انداخت، زمانی که به قدرت رسید، به تقلید از شاهان آل‌بویه و سلاطین قبل از خود کتابخانه با شکوهی در غزنه تاسیس کرد که منابع آن را از باقی‌مانده کتابخانه‌های دیلمان، عراق، خراسان و هندوستان فراهم آورده بود. وی پس از فتح شهرها کتابخانه‌های آنجا را غصب، کتب کلامی یا آنچه به عقیده او متعلق به رافضیان و معتزلیان بود، می‌‌سوزاند و مابقی کتب را به غزنه منتقل می‌کرد. غیاث‌الدین میرزا بایسنقر تیموری (۸۳۸-۸۰۲ ق)، فردی دانش‌دوست و هنرپرور بود، چنانچه کتابخانه‌‌ای بی‌‌نظیر در هرات تاسیس کرد او خود شعر می‌‌سرود و خطاط چیره‌‌دستی بود، به کتاب‌‌آرایی علاقه‌‌مند بود، و به تهیه، استنساخ، و جمع‌‌آوری کتاب و رواج هنرهای مربوط به آن عشق می‌‌ورزید.

صفویان به‌ویژه شاه‌عباس به طرز قابل توجهی بر غنای کتابخانه شیخ صفی‌الدین اردبیلی در اردبیل و آستان قدس رضوی در مشهد افزودند. در دوره قاجار فتحعلی‌شاه، دومین پادشاه این سلسله، به سبب علاقه‌‌ای که به کتب نفیس و آثار هنری داشت به تاسیس کتابخانه‌‌ای در کاخ گلستان همت گماشت و برای تجهیز آن به گردآوری جمعی از ادیبان و هنرمندان در دستگاه خود پرداخت و با همکاری آنها، کتابخانه شاهنشاهی را که بعدها، در زمان ناصرالدین شاه به «کتابخانه سلطنتی» تغییر نام داد، تاسیس کرد و آنجا را به گنجینه‌‌ای از کتب نفیس علمی و ادبی که دارای ارزش هنری بودند تبدیل کرد و آثار هنری و علمی گذشتگان از قبیل کتاب‌های باقیمانده از شاهان صفویه و زندیه و همچنین ذخایر نادرشاه و غیره را در آن جای داد. ناصرالدین شاه در سراسر دوران سلطنتش ریاست این کتابخانه را نیز بر عهده گرفت و به جمع‌‌آوری و خرید کتب و مرقعات، تابلوهای نقاشی و سایر آثار هنری پرداخت و با سعی و تلاشی که در نگهداری آنها به کار برد، کتابخانه را بیش از پیش غنی ساخت.