آیت‌الله سید عبدالله فاطمی‌نیا در سال ۱۳۲۵ در تبریز چشم به جهان گشود. وی از کودکی تحت تربیت دینی و علمی پدر خود (میراسماعیل) که از جمله علمای اهل عرفان بود، قرار گرفت. سپس نزدیک به ۳۰ سال نزد حسن مصطفوی (از شاگردان مرحوم آیت‌الله سید علی قاضی) تحصیل کرد و تحت تعلیم و تربیت وی قرار داشت و همزمان تحصیلات حوزوی خویش را هم دنبال می‌نمود.
پس از مصطفوی، او از علمایی چون علامه طباطبایی، سید محمدحسن الهی طباطبایی (برادر کوچک‌تر علامه طباطبایی)، محمدتقی آملی، سید رضا بهاءالدینی، محمد تقی بهجت، علامه جعفری و… که بیشترشان شاگردان آیت‌الله قاضی بزرگ بودند در علوم اسلامی و عرفان استفاده کرد. از این رو، وی با یک واسطه، از شاگردان سید علی قاضی است.
